Tamino es un príncipe egipcio que llega hasta tierras rocosas perseguido por una serpiente. Ha perdido su arma y ruega por su vida hasta desmayarse. Se le aparecen tres hadas que matan a la serpiente salvándole la vida.
Cuando se despierta, oye un silbar: es Papageno, un ser mitad pájaro y mitad persona, que llega tocando una flauta de pan con una gran jaula a sus espaldas, es el pajarero de la Reina, quien se ofrece a ayudarle. También Papageno miente al principe Tamino diciéndole que él ha matado a la serpiente que lo perseguía, pero las tres hadas mágicas le castiga por su mentira, colocándole en los labios un candado durante varias horas para que no pueda hablar.
El príncipe se encuentra en los dominios de la Reina de la Noche, quien estaba muy afligida porque el sumo sacerdote Sarastro, que vive en un castillo muy bien vigilado, han secuestrado a su hija, la princesa Pamina.
El príncipe Tamino se propone salvar y liberar a la princesa, a cambio la Reina de la Noche le promete que podrá casarse con su hija si lo consigue.
Tamino y Papageno, se van juntos al castillo de Sarasastro para rescatar a la princesa Pamina teniendo que atravesar un bosque lleno de animales salvajes. Para ayudarle en su cometido, le regalan al príncipe una "flauta mágica" la cual tiene el poder de modificar el estado de ánimo del que la escuche, hace más feliz a los hombres, al triste lo vuelve alegre y al soltero enamorado, también amansa a las fieras salvajes y a Papageno le regalan unas campanillas de plata mágicas que les protegerán de los peligros que se encontrarán por el camino. En el bosque Papageno conoce a Papagena y se enamoran.
Juntos, Papageno y Tamino, se adentran en el territorio de Sarastro para rescatar a la princesa Pamina.
El príncipe conoce a Sarastro y se da cuenta que no es una mala persona, que el mal lo encarna la Reina de la Noche, la cual le da a la princesa Pamina un cuchillo a para que mate a su secuestrador, pero ella se niega.
Tamino para quedarse lejos de la Reina de la Noche y con su amada Pamina, tiene que superar una serie de pruebas.
Una vez superadas esas pruebas tan importantes, los amantes se reúnen y el bien triunfa sobre el mal.